Los distintos tipos de microorganismos (bacterias, virus, algas, hongos y protozoos) pueden ser eliminados mediante distintos tipos de agentes químicos.

Idealmente se selecciona un desinfectante según el tipo de microorganismo a combatir y su entorno.

En algunos casos no se puede conseguir una esterilización completa, a causa de la presencia de materia orgánica, por lo tanto se realizan análisis de las superficies a desinfectar, mediante placas de cultivo, para ver el grado de eficacia del tratamiento.